L’UNOCA est dirigé par un Représentant spécial du Secrétaire général des Nations Unies ayant rang de Secrétaire général adjoint de l’ONU. Il a la responsabilité d’assurer la mise en œuvre du mandat du Bureau en usant, entre autres, des bons offices du Secrétaire général. Dans ce cas, il s’agit, pour le Représentant spécial et Chef de l’UNOCA, de se « prévaloir de son indépendance, de son impartialité et de son intégrité pour faire, publiquement et en privé, des démarches propres à empêcher l’apparition, l’aggravation ou l’extension des conflits » en Afrique centrale.
Le Représentant spécial est assisté dans sa tâche par le Chef de Cabinet et plusieurs spécialistes, y compris le Conseiller militaire. La Section politique, l’Unité de l’Information publique et le Service d’appui à la mission jouent également un rôle important dans la réalisation des objectifs du Bureau. La dernière composante citée s’occupe essentiellement de l’administration générale et de toutes les questions opérationnelles. L’ensemble du personnel travaille autour d’un slogan qui résume les missions et les ambitions de L’UNOCA : « la paix et la sécurité au service de l’intégration régionale et du développement durable de l’Afrique centrale ».